El setembre de l’any 1988, tretze estudiants van començar el primer curs de la diplomatura d’Infermeria a l’Escola Universitària d’Infermeria, situada a Andorra la Vella. Al mateix temps, s’impartia la primera classe del Diploma Professional Avançat en Informàtica de gestió a l’Escola d’Informàtica de Sant Julià de Lòria, amb dotze estudiants. Aquelles primeres classes van ser l’inici de l’ensenyament superior a Andorra, i també de la Universitat d’Andorra, que naixeria formalment el 1997 de la integració de les dues escoles universitàries i la creació del Centre d’Estudis Virtuals i d’Extensió Universitària. El curs 2003-2004 es va inaugurar el campus de Sant Julià de Lòria, que va permetre reunir els tres centres en un mateix edifici, i l’any 2010 es va completar l’adaptació de les titulacions a l’Espai Europeu d’Ensenyament Superior.

Al llarg dels seus anys d’història, la Universitat d’Andorra ha anat ampliant la seva oferta educativa a un ritme sostingut, i entre les fites més rellevants destaca l’any 1998, en què es van posar en marxa els estudis d’Administració d’empreses, i el 2007, amb l’inici del bàtxelor en Ciències de l’educació. L’UdA disposa d’una oferta formativa que completa els tres graus acadèmics universitaris, i un ampli ventall de propostes de formació continuada, entre postgraus, cursos i seminaris de curta durada.

En l’àmbit de recerca, el 2006 es van formar els primers grups de recerca i el 2009 es va crear el programa de Doctorat. L’Escola Internacional de Doctorat, que integra tota l’activitat de recerca de la Universitat d’Andorra, es va posar en funcionament l’any 2015, i gestiona cinc grups de recerca, en els quals hi treballen una quarantena d’investigadors i investigadores. L’Escola també lidera un pla de recerca que desenvolupa projectes d’investigació en àmbits com l’aprenentatge virtual, la seguretat en la transmissió de dades o la llengua catalana.

El curs 2018-2019, la Universitat d’Andorra va celebrar el 30è aniversari de l’inici de l’ensenyament superior a Andorra. Per cloure els actes de commemoració, el 7 de maig del 2019 es va fer l’acte de col·locació i tancament d’una càpsula del temps que conté documentació i objectes representatius de com era la institució, Andorra i el món l’any 2018, i que no podrà ser oberta fins al curs 2088-2089, coincidint amb el centenari de la Universitat.

L’any 2018 es va posar en marxa el nou model educatiu de la Universitat d’Andorra, que s’allunya del concepte clàssic d’assignatura i que es basa en l’assoliment de competències a través de resultats d’aprenentatge progressius. L’adaptació dels plans d’estudi de les titulacions impartides al 100% per l’UdA a aquest nou model va completar-se el curs 2023-2024.

En els últims anys, l’UdA ha dedicat esforços significatius a promoure la mobilitat internacional d’estudiants i personal, així com a augmentar l’oferta de màsters, per tal d’oferir una continuïtat acadèmica als seus bàtxelors presencials.