El setembre de l’any 1988, tretze estudiants van començar el primer curs de la diplomatura d’Infermeria a l’Escola Universitària d’Infermeria, situada a Andorra la Vella. Al mateix temps, s’impartia la primera classe del Diploma Professional Avançat en Informàtica de gestió a l’Escola d’Informàtica de Sant Julià de Lòria, amb dotze estudiants. Aquelles primeres classes van ser l’inici de l’ensenyament superior a Andorra, i també de la Universitat d’Andorra, que naixeria formalment el 1997 de la integració de les dues escoles universitàries i la creació del Centre d’Estudis Virtuals i d’Extensió Universitària. El curs 2003-2004 es va inaugurar el campus de Sant Julià de Lòria, que va permetre reunir els tres centres en un mateix edifici, i l’any 2010 es va completar l’adaptació de les titulacions a l’Espai Europeu d’Ensenyament Superior.
Al llarg dels seus anys d’història, la Universitat d’Andorra ha anat ampliant la seva oferta educativa a un ritme sostingut, i entre les fites més rellevants destaca l’any 1998, en què es van posar en marxa els estudis d’Administració d’empreses, i el 2007, amb l’inici del bàtxelor en Ciències de l’educació. L’UdA disposa d’una oferta formativa que completa els tres graus acadèmics universitaris, i un ampli ventall de propostes de formació continuada, entre postgraus, cursos d’actualització i seminaris.
En l’àmbit de recerca, el 2006 es van formar els primers grups de recerca i el 2009 es va crear el Programa de Doctorat, que al llarg dels seus primers deu anys d’història ha permès defensar amb èxit un total d’onze tesis doctorals. L’Escola Internacional de Doctorat, que integra tota l’activitat de recerca de la Universitat d’Andorra, es va posar en funcionament l’any 2015, i gestiona quatre grups de recerca i un equip d’innovació, en els quals hi treballen una trentena d’investigadors. L’escola també lidera un pla de recerca que desenvolupa projectes d’investigació en àmbits com l’aprenentatge virtual, la seguretat en la transmissió de dades o la llengua catalana.
El curs 2018-2019, la Universitat d’Andorra va celebrar el 30è aniversari de l’inici de l’ensenyament superior a Andorra. Per cloure els actes de commemoració, el 7 de maig del 2019 es va fer l’acte de col·locació i tancament d’una càpsula del temps que conté documentació i objectes representatius de com era la institució, Andorra i el món l’any 2018, i que no podrà ser oberta fins al curs 2088-2089, coincidint amb el centenari de la Universitat.
